Evoquant des "manipulations" de l’enquête, les avocats citent notamment un témoignage anonyme et très à charge du 14 novembre 2008, trois jours après les interpellations. Selon le quotidien Libération, ce témoin "sous X" a de nouveau déposé, cette fois sous sa réelle identité, un mois plus tard et son témoignage allait "radicalement à l’encontre des propos" tenus quand il était témoin anonyme. Selon Me Bourdon, "ce témoin affirme lui-même qu’il a gravement été manipulé" . De plus, la défense estime que le procès-verbal pourrait avoir été antidaté.

Autre grief de la défense : le procès-verbal de filature établi par la police le soir des sabotages. Il semble démontrer la présence près d’une ligne du TGV sabotée, en rase campagne et en pleine nuit, de Julien Coupat, supposé chef du groupe, et de son amie Yldune Lévy. Mais le "timing" mentionné par les policiers rend impossible un des déplacements relatés. Ils n’auraient donc pas réalisé cette filature. "Ils n’y étaient pas et ils ont inventé", a déclaré Me Jérémie Assous, autre avocat de Coupat. Source et suite